Prace związane z budową kanału mającego 41,2 km długości podzielono na jedenaście zadań budowlanych . Były to autonomiczne, odrębne realizacje w ramach których wykonywano nie tylko np. prace ziemne (wykopy, sypanie wałów i nasypów), ale także budowa śluz, instalacje wyposażenia mechaniczno-elektrycznego, budowa budynków socjalnych dla obsługi śluz itp.  Do realizacji budowy portu w Gliwicach oraz zbiornika Dzierżno (Duże) powołano odrębne dyrekcje, odpowiedzialne za ich wykonanie.

Warto podkreślić, że choć koryto nowego i starego kanału wielokrotnie się krzyżowało, a na niektórych odcinkach wręcz pokrywało i większość starych śluz musiała być rozebrana, prace prowadzono tak, aby droga wodna z Gliwic do Koźla była czynna i zdatna do prowadzenia transportu towarowego.

Budując kanał wprowadzono wiele nowatorskich rozwiązań, które tylko sporadycznie występowały wcześniej. Przykładem może być zastosowanie stalowych brusów do wykonania ścian komór śluz zamiast dotychczas używanego kamienia i betonu czy zastosowanie dwóch systemów umożliwiających oszczędzanie wody podczas śluzowania. Było to niezwykle istotne z uwagi na ograniczone możliwości zasilania w wodę przez rzekę Kłodnicę i Dramę. Na wszystkich śluzach umożliwiono podczas śluzowania równoległego (w jednej komorze barka idzie do góry, w drugiej na dół) przepływ wody między komorami. Dawało to oszczędność niemal połowy objętości komory. W przypadku śluzy Dzierżno jest to około 4500 m³. Drugi system oszczędnościowy polegał na zastosowaniu pomp tłoczących wodę z sekcji dolnej do górnej.  Znaczenie obu systemów staje się wymownym gdy uświadomimy sobie, że napełnienie jednej komory śluzy Dzierżno powoduje obniżenie poziomu wody w kanale na odcinku śluza Łabędy - śluza Dzierżno o 2 cm, a ilość śluzowań w okresie największego ruchu towarowego zbliżała sie do 100 na dobę. Po wojnie, z uwagi na znacznie mniejszy ruch towarowy, zasuwy międzykomorowe nie były wykorzystywane, a pompy pracowały tylko w Dzierżnie od połowy do końca lat osiemdziesiątych XX wieku.

Podczas odbywającej się w Gliwicach dorocznej konferencji "Dzień Odry" określono realistyczny termin ukończenia całej inwestycji na rok 1940. Trwające w wielu miejscach prace, szczególnie zaś przy śluzie Łabędy i gliwickim porcie, skomplikował ciąg intensywnych opadów i powodzi, które wyrządziły znaczne szkody nawet na ukończonych już odcinkach. Z końcem września 1939 roku budowa kanału została wpisana na listę przedsięwzięć gospodarczych o kluczowym znaczeniu dla obronności państwa. O tym jak daleko było do ukończenia prac niech świadczy fakt, ze dopiero 30 listopada 1939 roku na śluzie Kłodnica prześluzowano pierwszą barkę przy użyciu napędów ręcznych gdyż prąd nie był jeszcze podłączony. Mimo tego w takich okolicznościach władze w Berlinie zdecydowały się na uroczyste uruchomienie kanału w obecności wysokich przedstawicieli władz, w tym Rudolfa Hessa.

Usuwanie szkód powodziowych i ostatnie prace wykończeniowe trwały do połowy 1940 roku, a po tym czasie ruch towarowy odbywał w miarę regularnie i płynnie. 15 lipca 1941 roku na obszarze Bytom - Chorzów - Zabrze - Gliwice wystąpiły niespotykanie intensywne opady deszczu, które wkrótce objęły obszar aż do Odry. Wg pomiarów dokonanych w Rudzińcu w ciągu 18 godzin opad przekroczył 1/3 opadu rocznego. Straty spowodowane przemieszczaniem się korytem kanału wód powodziowych, zwłaszcza w Dzierznie, Sławięcicach i Nowej Wsi, spowodowały półroczne wyłączenie kanału z eksploatacji.